Die Aufnahme der Bundesrepublik in den Nordatlantik-Pakt (NATO) 1955 und die 1958 erfolgte Stationierung von Atomwaffen auf deutschem Gebiet durch die NATO hatten die Teilung Deutschlands de facto zementiert. Eine besondere Rolle in diesem Konflikt spielte West-Berlin: Als kapitalistische Insel inmitten des Territoriums der DDR, auf die viele Menschen aus Ost-Berlin und der DDR flohen, war es lange ein Problem sowohl für die DDR selbst als auch für die Sowjetunion.

Um wirtschaftlichen Schaden von der DDR abzuwenden und den militärischen Einfluss der Alliierten in West-Berlin zu beschneiden, stellte Chruschtschow ihnen am 27. November 1958 ein Ultimatum: Mit der Begründung, die Alliierten hätten ihr Recht auf eine Präsenz in West-Berlin aufgrund ihres Bruches des Potsdamer Abkommens verwirkt, forderte er, Berlin zu einer so genannten „entmilitarisierten Freien Stadt“ zu erklären und unter die Kontrolle der DDR zu stellen. Gleichzeitig wollte er einen Abzug alliierter Truppen aus West-Berlin innerhalb von sechs Monaten erwirken und drohte damit, andernfalls sowjetische Rechte, auch militärische, auf die DDR zu übertragen. Diese Forderungen lösten die zweite Berlin-Krise aus, in der sich die Beziehungen der Sowjetunion zu den USA noch weiter verschlechterten.

1959 begannen nach zähem Ringen neue Verhandlungen, die jedoch ergebnislos endeten. Am 27. Mai lief das Berlin-Ultimatum ab; die USA kamen den Forderungen nicht nach. Chruschtschow musste nachgeben. Bei Gesprächen mit Kennedy 1961 in Wien wiederholte er seine Drohungen, denen Kennedy selbst seine „Three Essentials“ entgegenstellte; zudem traf er Vorbereitungen für einen möglichen Kampf um West-Berlin. Ein offener Konflikt musste jedoch vermieden werden, und da eine Abriegelung der Sektorengrenze zwischen Ost und West Kennedys Bedingungen nicht verletzte, entschloss sich die östliche Seite letztlich zur Spaltung Berlins sowie zum Bau der Berliner Mauer am 13. August 1961 durch die DDR, einem Höhepunkt der Berlin-Krise und des Kalten Krieges.